Con la constitución de la Universidad Nacional, mediante ley Nº 5182, del 15 de febrero de 1973, su transitorio III establece la creación de una Comisión Ad Hoc, que dentro de sus atribuciones asumió las funciones propias del Consejo y de la Asamblea, encargándose de la organización de la Universidad, la redacción del Estatuto y el nombramiento en los primeros dos años del rector.
La Comisión Ad Hoc estuvo integrada por los ministros de educación, planificación y trabajo, por profesores de la Universidad con rango de catedráticos asociados, la cual fue coordinada por el Rector y estuvo en funciones solamente dos años.
Con el compromiso histórico por delante, el primer rector de la Universidad Nacional, se refirió, en incontables ocasiones, a lo que, parau que debía mover a esta nueva institución de educación superior nacional
“El trabajo que nos espera es un reto para nuestra comodidad. La belleza del trabajo del pionero-como los jóvenes que abandonan el kibutz cuando todo está hecho y se van al desierto a crear uno nuevo-deberá ser nuestro estímulo […] Pondremos en ella lo mejo del corazón y la inteligencia.En ella será bello trabajar, bello el vivir, y si es necesario bello morir” [Núñez, Benjamín, Pbro. 1973, Palabras de agradecimiento. Acto de instalación de la Comisión Organizadora Ad Hoc de la Universidad Nacional, Acta Nº 1. 22 de febrero de 1973]
Nace de esta manera la Universidad Nacional, como Universidad Necesaria. Sesionó en 163 oportunidades, según lo apuntó el Padre Benjamín Núñez en su informe, durante el acto de instalación del Consejo Universitario, a partir de ese momento le correspondió al Consejo Universitario el gobierno colegiado de la institución.
Con una Universidad organizada en seis facultades, con cuatrocientos setenta y dos académicos de planta, de los cuales noventa eran extranjeros, y con un estudiantado que superaba los siete mil estudiantes, el 24 de febrero de 1975, nace a la vida institucional el Consejo Universitario de la recién creada Universidad Nacional, o como algunos la llaman en aquel entonces la Universidad de Heredia.
La Comisión Organizadora Ad Hoc entregó al Consejo Universitario una institución en la cual sus servicios ya estaban estructurados, en donde se contaba con los servicios elementales, desde una biblioteca con 30.500 libros aproximadamente, hasta con un Departamento de Vida Estudiantil, sin olvidar su construcción académica, en donde se diseñaron sistemas de docencia e investigación claves.
Fueron múltiples las dificultades que se tuvieron que solventar para crear y organizar la Universidad Nacional. Sin embargo, es con esa misma mística y ese mismo espíritu que se continuó con el trabajo, por conseguir los mejores interés del pueblo, en su servicio y el de devolverle profesionales aptos para desenvolverse en una sociedad cada vez más exigente y cambiante.
El Consejo Universitario, como Órgano Superior en la administración universitaria, enrumbó su ardua labor legislativa en la creación de una estructura académica, una gestión pronta y expedita de las necesidades de las distintas unidades que la integran.
Merece especial atención las intensas jornadas, que a lo largo de la historia, dedicó este Órgano para dotar a la institución de un Estatuto Orgánico ágil, claro y necesario para la sana gestión y desarrollo de las funciones que le eran propias a una institución de educación superior.
Conoce además, en el ejercicio de su función fiscalizadora y de gobierno, con una actitud vigilante, el presupuesto institucional. Desde sus inicios se mantuvo constante en las acciones ante el Poder Legislativo y ante el Poder Ejecutivo para obtener los recursos necesarios que permitieran sostener la nueva institución; así como para garantizar la justicia, de la que han sido parte muchos y muchos jóvenes a lo largo de la historia. En una sociedad en donde miles y miles de jóvenes eran lanzados, por defecto del sistema, a la frustración y la marginación, el Consejo Universitario, a lo largo de los años, ha sabido llevar firme el timón del gobierno universitario hacia el derrotero primordial de la Universidad que le dio origen.
La labor no ha sido fácil, los escenarios han cambiado de manera constante y, en muchas ocasiones, de manera repentina y agreste, lo que ha hecho necesaria la toma de decisiones expeditas, con un tino sabio, para hacer lo necesario por seguir brindando educación de altísima calidad a los jóvenes que, año con año crecen exponencialmente, ansiosos por recibir elementos formativos que les faciliten enfrentarse con la realidad social en la que se desenvuelven.
Muchos cambios ha experimentado el Consejo Universitario, desde su instalación en 1975, desde la necesidad de garantizar la participación activa de todos los estamentos que integran la Gran Comunidad Universitaria, hasta dimisiones o sustituciones forzadas de algunos de sus miembros.
La Ley Constitutiva de la Universidad Nacional, en 1973 estableció que el Consejo Universitario se organizaría de la siguiente manera: el Presidente del Consejo Superior de Educación, el Rector, el Secretario General, cuatro profesores de alta categoría, de acuerdo al escalafón de carrera docente, que serían electos por la Asamblea Universitaria, tres graduados universitarios, como representantes de la Comunidad Nacional, electos por la Asamblea Universitaria, el Presidente y el Secretario General del Consejo o Federación de Estudiantes. Los miembros electos por la Asamblea Universitaria, durarían tres años en sus cargos y podían ser reelectos.
En 1975 se modifica nuevamente la conformación del Consejo Universitario, en donde en el artículo 17 del Estatuto Orgánico se establece esta de la siguiente manera: el Presidente del Consejo Superior de Educación; el Rector; el Secretario General; cuatro Profesores universitarios de las dos más altas categorías, electos por la Asamblea Universitaria; tres graduados universitarios del más alto prestigio, como voceros de la Comunidad Nacional, electos por la Asamblea Universitaria; el Presidente y el Secretario General de la Federación de Estudiantes. Los miembros electos por la Asamblea Universitaria durarían en sus cargos tres años y podrían ser reelectos solo una vez, por dos tercios de los votos de los electores que participaran en el proceso.
Por primera vez se fijará la periodicidad con la que este Órgano se reúne, haciéndolo una vez por semana de manera ordinaria y extraordinariamente cuando el Rector lo convocara o a solicitud de tres o más miembros. Un año más tarde en 1976, nuevamente se establece una nueva variación en este Órgano colegiado, quedando integrado por el Ministro de Educación, el Rector, el Secretario General, cinco representantes de los funcionarios, de los cuales al menos uno debe ser administrativo, dos representantes de la comunidad nacional y tres representantes de la Federación de Estudiantes; tanto los funcionarios, como los Representantes de la Comunidad Nacional, eran electos por períodos de tres años y, la reelección consecutiva fue permitida por una única vez. Se varía la periodicidad con la que se reúne este Órgano a dos veces por semana de manera ordinaria y, de manera extraordinaria cada vez que lo convoque el Rector o por solicitud de tres o más de los miembros que conforman el Consejo.
El último cambio significativo que se le hizo a la conformación del Consejo Universitario fue en el Estatuto Orgánico de 1993, quedando integrado de esta manera hasta nuestros días, el Ministro de Educación, el Rector, el Vicerrector Académico, cuatro Representantes del sector Académico y dos del sector Administrativo, un Representante de la Comunidad Nacional y tres Estudiantes según los Estatutos de la Federación de Estudiantes. Se reúne de manera ordinaria en dos sesiones, una vez por semana, y extraordinariamente cuando sea convocado por el Rector o por tres o más de los miembros del Consejo.